La Dirección General de Administración fue creada en el contexto de la política de reorganización y descentralización de la administración universitaria ante el acelerado crecimiento de la Universidad de San Carlos de Guatemala. La base de su creación, entre otros, fue el estudio realizado en el año 1969 por una Comisión extraordinaria del Consejo Superior Universitario, la cual recomendó la reestructuración administrativa de la Universidad, bajo las bases de simplificación, tecnificación, especialización, delegación de autoridad y descentralización, a efecto de conseguir una administración eficaz, dinámica, flexible y técnica.
Asimismo, la Comisión de Planificación Universitaria en el Plan Académico 1974-1979 y la División de Organización y Métodos (actualmente División de Desarrollo Organizacional) emitieron varias recomendaciones para la creación de una dependencia que atendiera las funciones administrativas, corregir la dualidad o multiplicidad de mando y jerarquía que se generaba en algunas dependencias subordinadas directamente de Rectoría y otras con funciones administrativas que dependían de la Dirección General Financiera, lo cual provocaba duplicidad de funciones, falta de coordinación, deficiente control, baja productividad y efectividad en el trabajo.
En el año 1981, el Consejo Superior Universitario autorizó la creación de la Dirección General de Administración, la cual comenzó a funcionar en el año 1982 al nombrar al primer director general, según Acuerdo de Rectoría No. 680-82 de fecha 17 de agosto de 1982. Posteriormente, en el año de 1998, según el Manual de Organización aprobado por Acuerdo de Rectoría No. 740-98 de fecha 24 de junio de 1998, la Dirección se integraba con las dependencias de Bienestar Estudiantil, Administración de Personal, Organización y Métodos, Servicios Generales, Registro y Estadística, Biblioteca Central, OTEP, Archivo General y Vigilancia.
Su estructura experimentó cambios cuando el 7 de julio de 1999, según Punto SEGUNDO del Acta No. 21-99 del Consejo Superior Universitario, se creó la Dirección General de Docencia –DIGED–, integrando a la División de Bienestar Estudiantil Universitario y al Departamento de Evaluación y Promoción del Personal Académico a su estructura orgánica. Más adelante, en el año 2006, según el Manual de Organización aprobado por Acuerdo de Rectoría No. 884-2006 de fecha 14 de julio de 2006, la Dirección se integraba con la División de Administración de Recursos Humanos, División de Desarrollo Organizacional, División de Servicios Generales, Departamento de Registro y Estadística, Departamento de Vigilancia, Biblioteca Central y Archivo General.
En el año 2017, según el punto SÉPTIMO, inciso 7.3 del Acta 25-2017 del Consejo Superior Universitario, se aprobó la reestructura del Departamento de Vigilancia a División de Seguridad Universitaria, lo cual se consolidó el 27 de marzo de 2019 mediante el Punto SÉPTIMO del Acta No. 09-2019, aprobando su creación integrando el Área de Capacitación y Vinculación, Área Administrativa, Departamento de Seguridad Física, Departamento de Seguridad Electrónica y Departamento de Seguridad Vehicular y de Tránsito. Finalmente, en el año 2020, según el Acuerdo de Rectoría No. 0916-2020 de fecha 15 de octubre de 2020, se trasladó a la Dirección General de Administración la dependencia jerárquica y subprograma presupuestario del Transporte Colectivo de la Universidad de San Carlos de Guatemala, que anteriormente dependía de la División de Bienestar Estudiantil Universitario de la Dirección General de Docencia.