Su estructura experimentó cambios cuando el 7 de julio de 1999, según Punto SEGUNDO del Acta No. 21-99 del Consejo Superior Universitario, se creó la Dirección General de Docencia –DIGED–, integrando a la División de Bienestar Estudiantil Universitario y al Departamento de Evaluación y Promoción del Personal Académico a su estructura orgánica. Más adelante, en el año 2006, según el Manual de Organización aprobado por Acuerdo de Rectoría No. 884-2006 de fecha 14 de julio de 2006, la Dirección se integraba con la División de Administración de Recursos Humanos, División de Desarrollo Organizacional, División de Servicios Generales, Departamento de Registro y Estadística, Departamento de Vigilancia, Biblioteca Central y Archivo General.