La Dirección General de Administración, fue creada en el contexto de la política de reorganización y descentralización de la administración universitaria ante el acelerado crecimiento de la Universidad de San Carlos de Guatemala. La base de su creación, entre otros, fue el estudio realizado en el año 1969 por una Comisión extraordinaria del Consejo Superior Universitario, bajo las bases de simplificación, tecnificación, especialización, delegación de autoridad y descentralización, a efecto de conseguir una administración eficaz, dinámica, flexible y técnica.
Así mismo, la Comisión de Planificación Universitaria en el Plan Académico 1974-1979 y la División de Organización y Métodos, actualmente División de Desarrollo Organizacional emitieron varias recomendaciones para la creación de una dependencia que atendiera las funciones administrativas, corregir la dualidad o multiplicidad de mando y jerarquía que se generaba en algunas dependencias subordinadas directamente de Rectoría y otras con funciones administrativas que dependían de la Dirección General Financiera, lo cual provocaba duplicidad de funciones, falta de coordinación, deficiente control, baja productividad y efectividad en el trabajo.
En el año 1981 el Consejo Superior Universitario autorizó la creación de la Dirección General de Administración, la cual comenzó a funciona en el año 1982 al nombrar al primer Director General, según Acuerdo de Rectoría No. 680-82 de fecha 17 de agosto de 1982.
En el año 1998, según Manual de Organización de la Dirección General de Administración, aprobado por Acuerdo de Rectoría No. 740-98 de fecha 24 de junio de 1998, la Dirección se integraba con las dependencias siguientes: División de Bienestar Estudiantil, División de Administración de Personal, División de Organización y Métodos, División de Servicios Generales, Departamento de Registro y Estadística, Biblioteca Central, Oficina de Evaluación y Promoción del Personal Docente -OTEP-, Archivo General y Vigilancia.
El 7 de julio de 1999, según Punto SEGUNDO del Acta No. 21-99 de la sesión celebrada por el Consejo Superior Universitario, se crea la Dirección General de Docencia -DIGED-, integrando a la División de Bienestar Estudiantil Universitario y el Departamento de Evaluación y Promoción del Personal Académico a su estructura orgánica.
En el año 2006, según Manual de Organización de la Dirección General de Administración -DIGA-, aprobado por Acuerdo de Rectoría No. 884-2006 de fecha 14 de julio de 2006, la Dirección se integraba con las dependencias siguientes: División de Administración de Recursos Humanos, División de Desarrollo Organizacional, División de Servicios Generales, Departamento de Registro y Estadística, Departamento de Vigilancia, Biblioteca Central y Archivo General.